En 1872, cuando la villa estaba floreciente, llegó a ella como párroco el P. Jorge María Salvaire, francés de origen, lazarista o vicentino.
Dos años después, sus superiores le ordenaron ir a misionar entre los indios infieles quienes, acusándolo de haber llevado una peste de viruela, lo apresaron y lo condenaron a morir lanceado.
Él se confió a la Virgen y le prometió dedicar su vida a publicar sus milagros y engrandecer su santuario si se salvaba. Al instante apareció un joven indio, hijo del cacique, y echó su poncho sobre el Padre, en señal de protección. Ese indio lo reconoció a Salvaire (le había salvado la vida en días pasados) y le concedió la libertad.
Fiel a sus promesas, el P. Salvaire redactó su monumental «Historia de Nuestra Señora de Luján», publicada en 1884.
En 1886 viajó a Europa y allí hizo confeccionar una corona para la Virgen. La hizo bendecir por el Papa León XIII quien concedió la autorización para la celebración de su fiesta propia. El 8 de Mayo de 1887 se realizó la Coronación Pontificia de manos de Mons. de Aneiros.
En ese mismo año de 1887 se colocó la piedra fundamental del nuevo templo. Emprendía así el P. Salvaire la difícil tarea de «engrandecer» la iglesia de Luján. Del punto de vista humano era una pretensión descabellada, sobre todo si tomamos en consideración la ofensiva laicista de aquel momento: obligatoriedad de la escuela laica, matrimonio civil , extrema escasez de clero.
Además, la Argentina padecía una aguda crisis económica.
¿Cómo lanzarse en esas circunstancias a una obra de tal envergadura? El P. Salvaire sonreía, pues conocía la providencialidad de la Virgen sobre estos hechos: poco tiempo después, Monseñor Federico Aneiros respaldó financieramente su proyecto. ¡Cuántas veces se lo vio salir al padre los sábados bien temprano, con su valija negra, partiendo hacia Buenos Aires, donde mendigaba a sus amigos dinero para pagar a los constructores!
Luego de la muerte de Salvaire en 1889, el R. P. Vicente María Dávani C. M., con mano de hierro y un corazón noble, se hace cargo de la terminación de la Basílica, en 1922.
En una larguísima serie de visitantes ilustres, entre ellos muchísimos próceres argentinos y dignatarios eclesiásticos, se destacan ilustres eclesiásticos como Juan Mastai Ferreti y el Cardenal Eugenio Pacelli, más tarde consagrados Papas con el nombre de Pío IX y Pío XII. Ambos pontífices, son por sorprendente coincidencia, quienes proclamaron los dogmas de la Inmaculada Concepción y de la gloriosa Asunción de María a los cielos.
El 11 de Junio de 1982, en plena guerra de las Malvinas, el Papa Juan Pablo II oró ante la Virgen de Luján, a quien entregó la Rosa de Oro, condecoración que significa una altísima distinción y es conferida por los Papas a imágenes, personalidades católicas, naciones, ciudades, basílicas y santuarios.
La Rosa de Oro porta la Bendición Papal, está ungida con el Santo Crisma y espolvoreada con incienso. Es una rama de rosal con hojas, flores y pimpollos, realizado en oro puro y colocada en un vaso renacentista de plata, todo resguardado en un estuche de oropel ornado con el escudo del Papa.
En Abril de 1987 nuevamente Juan Pablo II visitó el santuario de Luján donde oró por la paz de la Patria.
